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张功耀也意识到，力挺中医者的主要理由就是它有“疗效”。他反驳说，所谓的有效是中医治疗的结果，还是患者的自愈？抑或心理作用所导致？没有经过严格的循证医学的检验，是无法确定中医的疗效的。

“现在回过头来看，我爷爷是自愈的。”张功耀现在彻底否认了自己当年给他爷爷所开药方的有效性，“我敢肯定不是吃我药吃好的。”事实上，从张功耀所赞赏的西医科学角度看，说其祖父的康复是自愈，与说是中药方起了作用同样缺乏证据，如果不是更加缺乏证据的话。张功耀的这种表态，源自他的这样一种认识：不经循证医学验证，就不能称这种治疗有效果。

循证医学是90年代发展起来的一种新的学说，它的定义比较抽象：遵循科学依据的医学，其核心思想是医疗决策应在现有的最好的临床研究基础上作出，同时也重视结合个人的临床经验。简单地说，每一个治疗方法都需有真实可靠的随机对照试验结果做依据。它把临床研究的证据，按质量和可靠性程度分为5级。

而中医中药的诊疗，如按循证医学的标准来看，级别普遍不高，属于未经严谨检验的治疗方法。张功耀说，中医对病症的描述很模糊，达不到科学所要求的确定性。中医中药治疗方法的毒副作用，也因缺乏检验被遮蔽了起来。因为没有试验组和对照组的比较试验，很难说中医药的疗效不是“安慰剂效应”——类似于一种心理作用，服用安慰剂(并非药物，但患者误认为其有效)而产生治病效果。

张功耀和他的反对者几乎都认同这样一个判断：中医的信誉来自中医本身，中医被废止的危机也来自中医本身。张功耀采取的态度近于“全盘肯定西医，全盘否定中医”。很多反对者认为他将中医存在的个别问题上升到普遍层面，进而得出偏激化的结论；同时又对现代西医中存在的负效应视而不见。

张功耀说，“循证医学是普遍有效的检验方法，只有中医至今不承认。”事实上，国家中医药管理局已经开始注重到循证医学教育了。当然这在中医界有很大争议。很多中医认为，中医有自己的特点，不应对西方学术规范亦步亦趋，全面拥抱。

关于中医是否科学，学界有几种不同的论断。张功耀的观点是，西医是科学医学，中医则连伪科学都算不上；相反的观点认为，中西医同属科学，是两种不同的理论体系。还有一些人认为，毋庸讳言，以“阴阳五行”等理论为基础的中医，并不是严格的现代自然科学意义上的科学，但它是一种宽泛意义上的科学，是一种模型论科学。运用中医理论来治病，可以取得临床效果(即便未经循证医学的严格检验)，现代自然科学有其局限性，不能以此作为衡量一切的标准。

中医的科学化和现代化话题，在业内一直存在着讨论。中医的现状不容乐观，它要面对如何证明自身“客观上有效”的问题。现在最受诟病的是，只要愿意，每一个中医生都可以开出一个“秘方”，并宣称对某一疑难杂症的特殊疗效。这种广告目前遍布在各种媒体上。很多中医人士感慨，是这些“江湖骗子”毁了中医的信誉。

张功耀很重视自己发起的这场“战争”的历史延续性。他从书房中拿出自己汇总并复印的两本小册子，其中一本名为《废医檄文》的小册子，里面搜集的是历史上要求废止中医者的文章。他的口中不断出现这些人的名字：鲁迅、余云岫、傅斯年……他特别欣赏傅斯年写于1934年的《所谓“国医”》，给记者念了起来：“中国现在最可耻、最可恨、最可使人断气的事……是所谓西医，中医之争。……自命为提倡近代化的人，还在那里以政治的或社会的力量做中医的护法者！这岂不是明显表示中国人的脑筋仿佛根本有问题？”

民国时期，中医面临的第一次“存废”危机的时代背景是，传统文化遭遇前所未有的冲击，“打倒孔家店”的狂欢中，中医不可避免成为“全盘西化”鼓吹者的标靶。不可否认，那时对中医的全盘否定带有“民族虚无主义”的味道。而张功耀似乎更多的是受到现代科学的“实证主义”影响，并按照其自身的理解走入极端。有人因此称他为“走火入魔的唯科学主义者”。

一些中医从专业性的角度指出张功耀对中医的误解。张功耀并不这样认为，在撰写《告别中医中药》时，他和几个西医进行过商讨，但并未征询中医的意见。“中医那一套我都知道。”记者在他家中采访时，他刚刚从凤凰卫视的演播厅中走出来不久。他对自己在镜头前的表现并不满意。这位研究科学思想史和马克思主义哲学的学者，在面对一些医学专业问题时表现出了窘迫。不过，他从未因自己的非医学专业出身而表示过怯懦，直到现在。

“我可以负责地说，中医既不是什么积极的文化，更不是什么科学，甚至还不够格称‘伪科学’，而是中国古代落第文人，利用人们‘病急乱投医’的心理而刻意做成的骗局。”——张功耀批中医